Preaqueça o forno a 180°C.
Corte as berinjelas e as abobrinhas em fatias finas no sentido do comprimento.
Tempere as fatias com sal e pimenta-do-reino a gosto.
Aqueça uma frigideira com uma colher de sopa de azeite de oliva e grelhe as fatias de berinjela até que estejam ligeiramente douradas. Repita o processo com as fatias de abobrinha usando mais uma colher de sopa de azeite.
Em uma panela, aqueça uma colher de sopa de azeite de oliva e refogue a cebola picada e os dentes de alho picados até ficarem dourados.
Em uma assadeira, faça camadas alternadas de berinjela, abobrinha, molho pesto e queijo muçarela, repetindo até acabar os ingredientes.
Cubra a última camada com queijo muçarela.
Leve ao forno preaquecido e asse por 20-25 minutos, ou até que o queijo esteja derretido e levemente dourado.
Retire do forno e deixe descansar por 5 minutos antes de servir.